В соответствии с проводимой административной реформой, во исполнение распоряжения Правительства Российской Федерации от 05.05.2007 №566-р проведена реорганизация 143 государственных семенных инспекций и станций защиты растений. На их основе создано ФГУ «Российский сельскохозяйственный центр» с филиалами в субъектах Российской Федерации. Основной целью деятельности ФГУ «Россельхозцентра», возложенной на него Правительством Российской Федерации и Минсельхозом России, является оказание государственных услуг в области растениеводства. В области семеноводства они осуществляются в соответствии с Федеральным законом «О семеноводстве» № 149-ФЗ и заключаются в определении сортовых и посевных качеств семян. В защите растений основные услуги – фитосанитарный мониторинг и фитоэкспертиза семян. Для осуществления этих функций филиал ФГБУ «Россельхозцентр» по Краснодарскому краю тесно сотрудничает с органами управления АПК края, научно-исследовательскими учреждениями, фирмами производителями семян и средств защиты растений
На сегодняшний день филиал представлен следующими структурными подразделениями: отделами защиты растений, семеноводства, отделом по организации сертификации, центральной технолого-аналитической лабораторией, 44 районными отделами, в 8 из которых проводятся аналитические исследования средств защиты растений и сельскохозяйственной продукции.